系統樹の見方と見る際のポイント

はじめに

系統樹の書き方ページで作成した系統樹について見てみます。

今回は以下の10遺伝子を使用しました。

そして、系統樹の書き方ページページでの最終出力は以下のようになりました。
（遺伝子IDは日本語名に書き換えています）

系統樹の見るべきポイントは、

①： 枝の長さが分岐後の時間経過の長さを表すこと

②： 枝の根の数字が枝の分岐の正しさを表すこと

の2点です。

①：枝の長さが分岐後の時間経過の長さを表す（系統樹のバーは時間経過の単位を表す）

αグロビンの3本の枝に着目します。

ニワトリだけ先に分岐しており、その後マウスとヒトが分岐しています。

常識的に考えても、ヒトとマウス（哺乳類）より哺乳類と鳥類の方が先に分岐していると考えられるため、妥当かと思います。

そして、左下のバーは、時間経過の単位（どのくらいの塩基やアミノ酸が置換されているか）を表します。

②：枝の根の数字が枝の分岐の正しさを表す

各分岐の根には、数字が書いてあることがよくあります。

これは基本的には枝の分岐の正しさを表します。

多くの場合、ブートストラップ法（一部のサンプルを除外して系統樹を描く）を行い、100回やったとしたら、何回その分岐になるか、という数字です。

一般的にはブートストラップの値は95%以上であれば信頼度が高いとみなされることが多いようです[1]。

引用文献

[1]: 微生物の系統樹，どう描くの？
https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9110/9110_yomoyama.pdf