BlastにおけるE-value（E値）の計算方法について

BLASTにおけるE-value（E値）とは何か?

一言でいうと、偶然この配列がデータベース内にある期待値です。

たとえばE-valueが1だとすると、データベース内に1本、偶然あたる配列があるということを示しています。

E-valueの計算方法

K × （クエリ配列中の塩基/アミノ酸の数） × （DB配列中の塩基/アミノ酸の数(合計値)） × e^{-λ×アライメントスコア}

クエリとDBの配列が短いほどE-valueは大きく、アライメントスコアが大きいほどE-valueは小さくなります。

BLASTのE-valueの見方

ここではTCA回路のコハク酸からフマル酸に変換する酵素の遺伝子（succinate dehydrogenase）をNCBIのBLASTで検索してみます。

データはKEGGから適当に改変しています。

> seq1
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