| ホモログ | : | ある遺伝子や形態が共通の祖先に由来すること |
| パラログ | : | 遺伝子重複によって生じたホモログ |
| オーソログ | : | 種分化の際に分岐したホモログ |
パラログは基本的に機能が違い、オーソログは基本的に機能が同じです。
以下の遺伝子を利用して系統樹を作成します。
| id | 日本語での説明 | Ref |
|---|---|---|
| mmu:15122 | マウス αグロビン | Ref |
| hsa:3039 | ヒト αグロビン | Ref |
| mmu:15129 | マウス βグロビン | Ref |
| hsa:3043 | ヒト βグロビン | Ref |
完成図は以下。

以下、上記図を解釈する。
進化上起こった出来事は、根から葉の方向にたどることで解析できる1。
まず、一番最初の分岐の際、両方に複数の種が含まれている。
そのため、ヒトとマウスが分岐する前に遺伝子重複によって分岐したことがわかる。
次の分岐は両方ともほぼ同じタイミングであり、分岐先に1種しか含まれていない。
そのため、そのタイミングでヒトとマウスが分岐したということがわかる。
まとめると、以下のような解釈となる。

この例においてはすべての組み合わせがホモログであり、
| ヒトαグロビンとマウスαグロビン | : | オーソログ |
| ヒトαグロビンとマウスβグロビン | : | パラログ |
となる。